Pintavesien laatuluokkaan liittyvät epävarmuudet

Vaikka luokitus on erittäin kattava, niin etenkin pieniä järviä ja jokia jää luokittelematta.  Kaikkien vesistöjen veden laadusta ei ole olemassa ajantasaista tietoa. Vähintään hyvään luokkaan kuuluvilla suurillakin järvillä on usein vain yksi säännöllisesti seurattava havaintopaikka, joka sijaitsee selkävesillä järven syvännealueella.

Yhden havaintopaikan perusteella saadaan keskimääräinen kuva järven veden laadusta. Kuormitettujen vesien velvoitetarkkailuissa havaintopaikat sijaitsevat niin, että veden laadultaan erilaiset osat voidaan luokitella erikseen.

Käyttökelpoisuusluokituksessa vesistöä tarkastellaan ihmisen näkökulmasta. Luontaisesti suuri humuspitoisuus alentaa luokkaa, vaikka vesistö olisi luonnontilainen, koska veden käyttökelpoisuus raakavetenä on heikentynyt. Myös ravinteiden pitoisuuksissa on vesistöjen välisiä luontaisia, kallio- ja maaperän laadusta johtuvia eroja, joita ei nykyisessä luokituksessa oteta huomioon.

Matalat ja rehevät lintujärvet ovat arvokkaita kohteita, vaikka niiden tila käyttökelpoisuusluokituksen näkökulmasta voi olla välttävä tai jopa huono.

Luontaisesti erilaisten vesistöjen sijoittaminen viisiportaiseen asteikkoon ei ole ongelmatonta. Monet vesistöt ovat luokituskriteerien perusteella kahden luokan välimaastossa. On myös tapauksia, joissa veden laatu on yleisesti ottaen hyvä, mutta haitallisten aineiden esiintyminen ja mahdollinen riski ihmisen terveydelle alentaa luokkaa.