NTM-centralerna är ansvarig myndighet för vattenvården. De utreder situationen beträffande yt- och grundvattnet i sina regioner och bedömer vilka konsekvenser människans verksamhet har för vattendragen, de utarbetar klassificeringen av vattnens ekologiska status samt följer upp vattnens status med hjälp av sitt uppföljningsprogram.
NTM-centralerna gör också upp åtgärdsprogram och genom att följa dessa stävar man efter att genomföra målen för vattenvården.
Vattenanvändare och övriga aktörer kan delta i planeringen av vattenvården i de regionala samarbetsgrupper som samordnas av NTM-centralerna. I de olika skedena av planeringen av vattenvården ordnas dessutom tillfällen då alla medborgare kan komma till tals och ge NTM-centralerna respons.